Das Mesozoikum (250-65 Mio. J. vor heute) war größtenteils eine intensive Treibhauswelt mit einem um ein vielfaches höheren CO2-Gehalt als heute. Aquatisch abgelagerte Sedimentgesteine aus dem Mesozoikum sind wertvolle Archive dieses bewegten erdgeschichtlichen Zeitabschnittes. In ihnen dokumentieren sich die Evolution einer vergleichsweise modernen Lebewelt, lang- und kurzfristige Klimaveränderungen, Umweltkatastrophen globalen Ausmaßes sowie intensive plattentektonische Aktivität und rasche paläogeographische Veränderungen. Die Analyse mesozoischer Ablagerungen erlaubt es uns, die Funktionsweise von Ökosystemen unten den Bedingungen eines extremen Treibhausklimas zu verstehen und die Veränderungen der Biodiversität in Zeit und Raum an ausgewählten Organismengruppen zu verfolgen. Somit kann der vergangene globale Wandel ein Schlüssel für das Verständnis möglicher zukünftiger Zustände unseres Planeten sein: The past as a key to future global change.
Die Analyse und Rekonstruktion dieser komplexen mesozoischen Ökosysteme erfordert einen interdisziplinären Ansatz, der klassische Paläontologie und Sedimentologie mit den modernen Methoden der Isotopen-Geochemie, Paläookologie und hochauflösenden, integrierten Stratigraphie kombiniert. Mittels spezifischer Fallstudien, überwiegend aus ehemaligen Schelfbereichen und Seen, werden die Muster des mesozoischen Wandels aufgezeigt, die Steuerungsfaktoren benannt und im Hinblick auf mögliche Zukunftsszenarien gedeutet (Prozess-orientierte Ökosystemforschung). Regionale Schwerpunkte bilden NW-Europa, Ägypten, der Mittlere Osten und China
Riffe werden generell mit warmen, lichtdurchfluteten Flachwassermeeren der subtropisch-tropischen Klimazone assoziiert. Das dem nicht so sein muß, belegen aktuelle Studien über die Verbreitung von karbonatproduzierenden Ökosystemen der kalten Meere in den niederen und höheren Breiten. Ein aktuelles Forschungsthema in der Erlanger Paläontologie ist die Ökologie von Korallenriffen im kalten, tiefen und dunklen Nordatlantik im Rahmen eines großangelegten europäischen Forschungsprogrammes HERMES.